Для борьбы с биологическими отложениями, приводящими к ухудшению вакуума в конденсаторах и интенсифицирующими коррозионными процессы, применяют обработку охлаждающей воды сильными окислителями – хлором и его производными, а также солями тяжелых металлов. Механизм бактерицидного действия хлора и его кислородосодержащих соединений заключается во взаимодействии с составными частями клетки микроорганизма, в первую очередь с ферментами, что ведет к нарушению обмена веществ в клетке и отмиранию микроорганизмов. В практике обработки воды применяют свободный хлор, соли хлорноватистой кислоты (гипохлориты) и диоксид хлора ClO₂. 

Дозу реагента определяют по результатам пробного хлорирования с учетом заданной концентрации остаточного свободного хлора (0,3 – 0,5 мг/кг).